El sistema genital de la hembra está constituído por dos ovarios, cuya función es la producción de la célula sexual es decir el huevo, trompas de Falopio, útero, cerviz, vagina y vulva.

La hembra al nacer tiene miles de óvulos en los ovarios, y no produce más durante su periodo de vida, cuando se encuentra en su actividad sexual los folículos ováricos desarrollan uno o más huevos rompiéndose para depositarlos en las trompas de Falopio, este proceso es denominado ovulación. Durante la ovulación el folículo sangra, formándose un cuerpo amarillo, el folículo produce estrógenos durante su desarrollo y el cuerpo amarillo produce la hormona progesterona.

El periodo sexual fértil tiene una duración aproximada de dos a cinco días, su periodo inactivo es de 15 días antes de comenzar con el nuevo ciclo. La hembra sólo aceptará al semental cuando esté en su periodo fértil, para tener los resultados deseados es recomendable que la yegua sea cubierta después de 12 horas después de la ovulación, cuando los óvulos son desprendidos del ovario, ésto ocurre el último día de su periodo.

El órgano sexual del macho está formado por dos testículos localizados en el escroto, los cuales producen espermatozoos, que son conductos que comunican a la uretra pasando por el cordón espermático constituído por venas y arterias; también posee glándulas accesorias correspondientes a la próstata, vesículas seminales y glándulas bulbouretrales y el pene que se encuentra en el prepucio.