Los microbios son capaces de vivir en la superficie de la piel o en las mucosas que tapizan las cavidades del cuerpo, tal es el caso de boca, vagina, etc. Invaden tejidos y se resguardan en el interior de las estructuras corporales, como hígado, riñones o huesos. Algunos que se encuentran dentro del cuerpo, forman parte de un sistema de beneficio mutuo, no todos son dañinos, como las bacterias del colon y del ciego, los cuales digieren la celulosa y las fibras del alimento del caballo. Cada microbio posee una capacidad relativamente desarrollada para invadir el cuerpo y causar daños a este término se le denomina virulencia, la cual es notoria en la práctica de acuerdo a la gravedad de la enfermedad que ocasiona y la velocidad de transmisión en la población equina.

Como es el caso de la bacteria Streptococcus equi, causal de la enfermedad conocida como adivas, la cual produce en el caballo un estado febril que se propaga rápidamente entre los otros huéspedes de la cuadra. También tenemos al Streptococcus pyogenes el cual produce enfermedades del útero.

Éstas varían de acuerdo a las circunstancias ambientales. Como la bacteria E. coli la cual es ubiquitaria y la encontramos en las heces de los caballos y en el intestino. Puede vivir en el suelo, sin consecuencias, puede causar diarrea en los potros, presentando características epidémicas aumenta su virulencia con el contagio de un animal a otro, aumentando la gravedad. El causal es la falta de resistencia del potro.

Un factor importante en la relación entre microbio y huésped es la inmunidad. La cual se adquiere mediante la capacidad de células especiales del cuerpo que producen anticuerpos, los cuales neutralizan el microbio invasor. El anticuerpo tiene que ser específico del microbio, o de lo contrario no tendrá efecto impidiéndole el establecimiento en los tejidos. Es así como las vacunas ayudan al individuo a desarrollar inmunidad; siendo artificial, pero su modo de producirse es análogo al de la natural.

Independientemente de la inmunidad, los individuos varían en su respuesta a la infección, debido a factores predisponentes que hacen al organismo susceptible.