Las posibles causas de que un aborto se presente van desde infecciones bacterianas, víricas o micóticas. Los microbios causantes de la infección atacan la placenta y/o órganos del feto, destruyendo su capacidad para vivir o desarrollarse normalmente. De las causas no infecciosas del aborto no se tiene mucha información, algunas son ocasionadas por trastornos genéticos, hormonales, inmunológicos, o circulatorios, sin embargo, no existe un conocimiento detallado del tema, solamente nos queda la información teórica para el diagnóstico.

En la actualidad, existe sólo una forma de aborto de carácter epidémico; el cual es producido por Herpes virus equino tipo 1., este virus ataca el sistema respiratorio, la causa por la cual produce abortos en relativas ocasiones se desconoce. Se presenta con mayor frecuencia a partir del 7º al 9° mes de la gestación, en ocasiones puede presentarse más tarde, incluso cerca del termino del embarazo. Suele ser espontáneo, sin que exista desarrollo mamario previo, expulsando las membranas fetales junto con el feto, o un poco más tarde. Los signos que presentan los potros que nacen en fecha próxima al final teórico de la gestación muestran septicemia (debilidad creciente) muriendo antes de cumplirse los cuatro días desde el nacimiento. En cuyo caso, la yegua presenta un desarrollo mamario normal, con presencia de calostro en la ubre.

Las causas no infecciosas, es la existencia de gemelos, que es la más frecuente. La placenta de la yegua cubre la totalidad de la superficie interna del útero, y por tanto la capacidad es múltiple en cuanto al área de fijación al existir dos fetos. Existen tres tipos de situaciones que pueden dar lugar a gemelos de tamaños iguales o desiguales. En la mayoría de los casos, uno de los dos muere, dando lugar a la expulsión de ambos en forma de aborto, entre el 7º y el 9º mes de la preñez.

El aborto micótico es causado por hongos, se conoce como el más frecuente presentándose en el 9° mes. Consiste en que la placenta se engrosa, produciendo un exudado denso y parduzco en la superficie. El hongo que lo produce se va extendiendo progresivamente por la zona y va destruyendo poco a poco el tejido placentario, ocasionando la mala nutrición del feto ocasionando adelgazamiento, el aborto se produce ya que debilita o muere el feto y, por ello, causando la expulsión del útero. Empero los factores capaces de producir este tipo de trastornos pueden presentarse después de los primeros 300 días de gestación; en cuyo caso, los potros son prematuros, aunque nazcan al término, llegan a sufrir trastornos como septicemia o debilidad, reduciendo sus posibilidades de vida fuera del útero materno.