Las enfermedades neonatales se dividen en cuatro grupos, de los cuales los tres últimos son de causa no infecciosa:

Grupo 1: infecciones producidas por bacterias o virus. Los síntomas que se presentan son: pérdida gradual del reflejo de succión, debilidad progresiva e incapacidad para adoptar la posición de succión. Pudiendo culminar en un estado de coma, convulsiones, etc., hasta la muerte.

Grupo 2: síndrome de desorientación neonatal (SDN) el cual se manifiesta por importantes trastornos del comportamiento. Entre ellos se encuentran convulsiones, pérdida del reflejo de succión e incapacidad para reconocer y seguir a la madre. La terminología antigua denomina a los potros afectados de diferentes maneras. El trastorno está asociado a lesiones cerebrales producidas por hemorragia o edema; ello da lugar a intensos trastornos bioquímicos o respiratorios y a efectos secundarios debidos al comportamiento alterado y al estado metabólico.

Grupo 3: Alteraciones anatómicas, el paladar hendido, la boca de loro, las contracturas de tendones, la rotura de vejiga y diversas deformidades de la cabeza, del cuerpo o de los miembros, pueden ser hereditarias o desarrollarse a causa de alteraciones del crecimiento fetal, se atribuyen a infecciones víricas, deficiencias en la nutrición o por la administración de fármacos. Sin embargo, faltan datos concretos acerca del tema, lo cual hace que, actualmente, la etiología de los aspectos anatómicos equinos sea objeto de estudio.

Grupo 4: Anemia izo inmune o Ictericia hemolítica del potro recién nacido. Enfermedad que se caracteriza por la fuerte destrucción de los hematíes del potro por la acción de los anticuerpos que recibe al ingerir el calostro producido por la yegua. Los anticuerpos que son sustancias anti-hematíes, se forman en el torrente sanguíneo de la yegua, a consecuencia del factor hereditario el cual se localiza en los hematíes del potro. Algunos glóbulos rojos del feto cruzan la placenta y pasan a la circulación de la yegua durante la fase de desarrollo fetal, actuando de modo semejante a una vacuna, estimulando a los tejidos maternos para que produzcan un anticuerpo específico contra los glóbulos rojos del potro. Los anticuerpos se agrupan en el calostro, junto con los que tienen un carácter protector, y son absorbidos a través del intestino delgado, inmediatamente después de la primera ingestión de alimento que sigue al parto. El potro desarrolla una ictericia que crece progresivamente, aumenta la frecuencia cardiaca y el ritmo respiratorio al hacer ejercicio, en la mayor parte de los casos, el potro muere en los primeros tres días. Si es detectado a tiempo dicho trastorno, puede prevenirse, evitando la ingestión de calostro durante las primeras 24 horas de vida, período durante el cual se coloca al potro un bozal y se le administra calostro de otra yegua; después será alimentado con leche artificial. Si es conveniente puede mamar la leche de su propia madre tras un plazo de 24 horas, ya que el intestino delgado ha perdido ya la capacidad para absorber el anticuerpo.

El cólico meconial, que es producido por alteraciones digestivas en el paso de los primeros excrementos, es una alteración relativamente simple, que se incluye en el grupo 2.

El tratamiento de las afecciones neonatales las cuales en su mayoría son sintomáticas; tal es el caso de la incapacidad para levantarse, mediante el auxilio de ayudantes y con cuidados generales, dicha incapacidad para levantarse a mamar obliga a alimentar al potro con biberón; la falta del reflejo de succión el cual se soluciona alimentando al potro mediante una sonda gástrica; incapacidad para mantener la temperatura corporal, calentando el pesebre del animal, y la deshidratación, con fluido terapia intravenosa y transfusiones de sangre completa o de plasma; El tratamiento específico consta de la administración de antibióticos contra las infecciones, la corrección quirúrgica de la rotura de vejiga y la transfusión de glóbulos rojos en los casos de ictericia hemolítica.